中心于2013年获江苏省立项建设，由南京林业大学牵头，联合中国林科院、南京大学、江苏省林业局、江苏省中国科学院植物研究所等单位共同组建，2020年被认定为省部共建协同创新中心。

 中心聚焦国家生态文明、双碳目标和乡村振兴等重大战略需求，立足江苏，面向南方，以满足南方现代林业发展重大科技需求为导向，围绕南方速生用材树种种质创新、资源培育、森林保护、生态建设和资源高效利用等领域开展协同创新。

中心不断继续深化体制机制改革，以优化和完善科技创新体系为重点，构建人才团队、科研项目、基地平台、成果转化一体化协同推动的科技创新模式，集中优势力量开展有组织的科研，形成跨学科、跨单位的重大科研项目、团队、奖励申报组织的工作机制，不断提升中心持续创新能力。

三期建设以来，各协同单位新增联合承担国家重点研发计划项目13项，占所属专项总量的70%以上；新增林木遗传育种全国重点实验室1个，教育部全国高校黄大年式教学团队1个；获国家科技进步二等奖1项，其他省部级奖项16项。