1、林木种质创新与良种选育

  围绕为林业生产提供良种、为森林遗传多样性保护提供依据为目标，通过加强林木基因组学、转录组学、代谢组学、蛋白质组学等基础研究，解析林木重要性状相关的基因表达与调控的分子机理；采取分子标记技术、转基因技术与常规育种相结合，选育出适于不同环境及不同培育目标的林木良种，并通过研究良种繁育新技术，为林业生产提供更多的良种；通过研究重要树种的群体—个体—细胞—分子等不同层次的遗传变异规律，为遗传改良及遗传多样性保护提供科学依据。

2、林木种苗与森林资源培育

  围绕定向、速生、丰产、优质、高效和稳定6个目标，针对我国南方地区主要商品林与经济林树种，通过系统研究和示范，建立合理的商品和经济林人工林生态系统和栽培制度，提出各类商品林和经济林的优化栽培模式，最大程度地满足木材工业、木本粮油及其它行业对商品林和经济林质量的要求，提高单位面积上各类商品林和经济林的产量，缩短轮伐期或结实期，质量明显改善，充分发挥商品林和经济林经营的经济、生态和社会效益，为实现“双增”目标提供技术保障。

3、森林保护与生物入侵防控

  针对我国南方重要树种病虫害频发的态势，从分子、细胞、组织、器官、个体、群体、群落等不同层面，开展重大林业有害生物发生发展和流行规律、病虫害周期性暴发流行与寄主树木、环境变化及人类活动的关系等研究，揭示病虫害自身生长繁殖的生物学特点、流行成灾的基础及其对环境的适应性变化。

4、林业生态与环境保护

  针对南方地区森林生态系统结构简单、群落稳定性差、生物多样性降低、生态功能退化，人工林树种单一、林分结构简单、固碳能力低下、林地地力衰退，区域水土流失严重、病虫害与洪涝灾害频发，湿地生态功能退化、水体富营养化严重等一些突出生态问题，以南方典型地带性植被（含湿地）和重要人工林为对象，围绕森林植被退化与林地地力衰退机理、森林质量提升途径和技术、森林与湿地的生物多样性保护及影响机制、人工林生态系统的碳汇功能及其对全球变化的响应、森林生态系统的理水机制及其防洪减灾功能、固土防蚀机理及其控制技术、湿地保护与生态修复技术等开展协同攻关，破解森林和湿地生态保护与经营中存在的重要科学问题和主要技术难题，为保障国土生态安全和区域社会经济的可持续发展提供技术支撑。